Dwie szkoły a nawet więcej, bo sama wspomniałaś o "pudełkowaniu", ale według mnie przy takiej ilości to przesada.
1. Paginujesz i zostawiasz tam gdzie było...
2. Specjalne koperty, lub po prostu bezkwasowe i zostawiasz to na końcu teczki a w uwagach w spisie piszesz, że są też dwie fotografie.